Bayern byl založen roku 1900 členy Mnichovského gymnastického mužstva. Klub ze začátku hrál jen Bavorskou ligu. První úspěch přišel až v roce 1926, kdy FCB vyhrál mistrovství jižního Německa, za dva roky tento úspěch zopakoval. První národní pohár získal Bayer v roce 1932, když porazily ve finále Eintracht Frankfurt 2:0. Když přišel Hitlerův režim tak se rozvíjení klubu pozastavilo, protože prezident i trenér týmu byli židé a musely tak opustit Německo i klub. V příštích letech se klubu přezdívalo Klub Žida. 

Po válce se dostal Bayern do první německé divize-Öberliga süd. Klub se dostal mezi ty lepší, ale v padesátých letech měl finanční problémy a tak se zase na chvíli pozastavil rozvoj. Za dva roky začal sponzorovat hodně továrník Donald Endler, který poskytoval týmu finanční prostředky a za to byl odměněn čtyřmi roky u kormidla týmu. V roce 1963 se všechny Öberligy spojily v jedno a nazvaly to Bundesliga. Od té doby se do základní sestavy Bayernu začaly stavit mladí talenti třeba jako je Franz Beckenbauer, Gerd Müller a i Sepp Maier tyto tři borci se pak staly největšími hvězdami klubu. 

V první sezoně v bundeslize obsadil Bayern třetí místo a vyhrál Německý pohár a kvalifikoval se také do evropského poháru ”Pohár vítězů poháru”. Tento šampionát nakonec vyhrál až v příští sezoně v dramatickém finále proti skotskému týmu Glasgow Rangers, tento zápas rozhodl Franz Roth v prodloužení a FCB mohl slavit vítězství 1:0. V roce 1967 převzal klub Branko Zebec a získal s ním hned v první sezoně double. 

V roce 1970 převzal hned jiný kouč Udo Lattek .Po získání poháru v jeho první sezoně v FCB a dovedl je i ke třetímu titulu ligy. Rozhodující zápas sezony 1971/72 proti Schalke 04 byl vůbec prvním zápasem, který se odehrál na novém Olympijském stadioně a také to byl první zápas, který se odvysílal živě v Bundeslize. V tomto zápase smetl Bayern Schalke 04 5:1 a mohl slavit vítězství, ale i rekord, který v té sezoně dokázal vytvořit. Bayern vyhrál další dva ligové ročníky, ale na vrchol se dostal až v roce 1974 když vyhrál ve finále PMEZ (dnes liga mistrů) 4:0 s Atletikem  Madrid. V následující sezoně obhájil vítězství v PMEZ, když porazil anglický Leeds United AFC.O rok později v Glasgow FCB porazil ve finále AS Saint-Étienne a stal se tak třetím klubem, který dokázal vyhrát ligu mistrů třikrát po sobě. Poslední trofej v této éře dosáhl FCB Interkontinentální pohár, když ve finále porazil Cruzeiro Esporte Clube. 

Osmdesátá léta byla velmi těžká pro Bayern, protože měl problémy zase s financemi a tým se hodně proměnil. Úspěch v evropském poháru přišel až v roce 1996 v Poháru UEFA, když Bayeru ve finále podlehlo Bordeaux. Poté už byli zase všichni šťastní a vše jak se zdálo bylo tak jak má být. Nové úspěch mohli přijít.

V sezoně 2005/006 se Bayern přestěhoval do nového stadionu Allianz Arena, o který se dělí s TSV 1860 München. V ligovém ročníku 2006/07 skončil Bayern až čtvrtý, a proto nastaly velké změny v kádru. Odešly hvězdy jako jsou například Owen Hargreaves, Claudio Pizzaro nebo i Roy Makaay a přišly jiní skvělí hráči a to Luca Toni, Franck Ribéry a Miroslav Klose. Velké nákupy se vyplatily a Bayern dominoval v další sezoně Bundesligy, vyhrál Německý pohár a v Poháru UEFA ho zastavil až ve finále Zenit Petrohrad. Nyní je největším rivalem Mnichovského klubu nováček z Hoffenhaimu.