Nedaleká budoucnost. Po celé planetě se rodí děti s X-faktorem v genech, který jim dává zvláštní sílu - třeba ničivý laserový pohled nebo schopnost létat či přesunovat předměty nebo ovládat počasí. Profesor X, Wolverine, Storm, Jean Grey, Rogue, Cyclops, Magneto, Toad, Mystique, Sabretooth jsou mutanti s mimořádnými schopnostmi. Ale pro lidi, kteří takovéto schopnosti nemají, je velice těžké mutanty akceptovat a neubránit se strachu.

Nejcitelněji potřebu naučit mutanty jak pracovat se svou zvláštní silou a mít nad ní kontrolu má profesor Charles Xavier - světově uznávaný telepat - mutant. Zřídí speciální školu a jeho záměrem je, aby se žáci chovali tak, aby se svět odnaučil strachu před nimi. Xavier přijímá dva nové žáky. Je to Logan - osamělý silák - a Rogue, která může přijmout jakoukoliv sílu i paměť ze všeho, čeho se dotkne. Proti filosofii profesora Xaviera stojí senátor Kelly, který by mutanty nejradši zlikvidoval...