Hakuouki sleduje Chizuru a Shinsengumi v alternativní realitě... Chizuru cestuje do Kjóta kvůli hledání zmizelého otce, ale poté, co byla zapojena do incidentu, skončila jako zajatec Shinsengumi, kde se setká s členy, včetně slavného Hijikata Toshizo a Okita Soshi. Chizurin otec řídil vládní výzkum pro posílení Shinsengumi a vyvinul ochimizu. Ochimizu je vzorec, který dělá démona jako pevnost a regenerační účinky, ale jednou přijata, uživatel zažije extrémní bolest a nakonec se promění v krev hladovící monstrum. Ve snaze bránit Chizuru, Hijikata má ochimizu a přestože situace byla zachráněna, je nyní ovlivněn nemocí. Okita je také nucen vzít vzorec, když ho jeho rakovina zabraňuje chránit Chizuru a jeho samotného. Pocit zodpovědnosti za své činy, Chizuru musí bojovat se svou bezmocí a najít odvahu k podpoře Shinsengumi.