Klášter založil český kníže Vladislav I. již v roce 1115.
Poblíž kláštera se nacházela tzv. Norimberská zemská stezka spojující Čechy s Bavorskem. Tato stezka byla často využívána nejen Vladislavem I., ale i jeho manželkou Richenzií, která sama pocházela z Bergu v Německu. Kladrubský klášter měl dobré postavení a četná privilegia. Měl dostatečné množství majetku a značné množství pozemků. Původní obyvatelé kláštera byli českého původu, ale brzy byli do kláštera vysláni mniši z německého Zwiefaltenu. Velmi záhy se objevily národnostní spory o klášter a ty byly ukončeny až roku 1130 definitivní německou kolonizací.
Do konce 14. století docházelo k obrovskému zvětšování majetku a vlivu kláštera, který omezily až teprve husitské války. Roku 1421 byl klášter dobyt samotným Janem Žižkou z Trocnova a do kláštera byla dosazena vojenská posádka. Tato posádka dokonce odolala i vojskům krále Zikmunda (Zikmund, liška Ryšavá), které čítaly na 12.000 mužů. Po konci husitského období pro kladrubský klášter nastalo obtížné období, během kterého ztratil značnou část svého majetku a vlivu. Zkázu dokonal rozsáhlý požár, který roku 1590 klášter zachvátil.
Po Bílé hoře se klášter začal znovu rozvíjet. Docházelo k mnoha rekonstrukcím, kdy byl chrám přestavěn do barokně-gotického slohu (chrám Nanebevzetí Panny Marie). Autorem přestavby je Jan Blažej Santini (Aichl). Na rozšíření kláštera se podílel také Kilián Ignác Dienzenhofer.
Roku 1785 byl klášter zrušen na základě josefovských reforem a budovy dále sloužily jako sklad střeliva, později jako vojenský špitál a za Napoleona jako kasárna a vojenský lazaret.
V roce 1825 kladrubské panství zakoupil Alfred I. Windischgrätz. Objekt byl využíván jako sklad, neboť sídlo Windischgrätzů bylo na zámku v Tachově.
Na začátku dvacátého století se rodina přemístila do Kladrub. Po druhé světové válce byli Windischgrätzové přesídleni na základě Benešových dekretů do Německa.
Později klášter převzal Státní statek v Kladrubech. V poslední třetině 20. století byla zahájena rekonstrukce objektu.