Mezi zajímavé a dosud nevyužívané zdroje energie patří metan hydrát. Jde o chemickou sloučeninu metanu s aditivními molekulami vody, která je uložena ve vrstvách ledových krystalů, často zvaných ohnivé kameny. Ložiska hydrátu metanu a jsou světu známá už pěkně dlouho. Nalézají se zejména  v oceánském dně a pod permafrostem. Pokusy o těžbu ale byly zatím ve fázi výzkumu, o který se pokouší řada zemí od Ruska, přes Čínu, Indii až po Kanadu. Avšak japonským technikům se nyní metanhydrát jako prvním na světě podařilo vytěžit.

Ložiska metanových hydrátů se nacházejí v litosféře (asi do hloubky kolem 2000 m) v malých hloubkách pod permafrostem - Sibiř, Aljaška, Severní Kanada. Oceánská ložiska jsou v oceánských sedimentárních vodách v hloubkách nad 300 m až do 5000 m, kde je teplota dna 2°C (Mexický záliv, Kaspické moře) nebo v oceánských sedimentech do hloubky 1000 m.

Metanhydrát vznikl zřejmě únikem plynů ze zemského jádra podél geologických zlomů, krystalizací při kontaktu plynu s chladnou vodou 2°C nebo mikrobiální aktivitou v ložiscích. Jeho hustota je 0,9 g/cm3.

Metanové hydráty, ložiska plynu uzavřená v ledových krystalech, jsou potenciálně obrovský zdroj energie, jehož světové zásoby by podle různých odhadů mohly až desetinásobně přesahovat známé zásoby fosilních zdrojů na Zemi. Podíl metanu v krystalu je totiž 20%. Do teploty 18°C se jeví stabilním a když se krystal za normální teploty a tlaku vloží do vody, vycházejí bublinky unikajícího metanu a krystal se zmenšuje. Z 1 litru pevného MH se uvolní 168 litrů plynného metanu.

Těžba metanhydrátu však s sebou nese mnohá rizika. Předně patří mezi skleníkové plyny až  10x výraznější než oxid uhličitý. Při jeho těžbě dochází k rozpouštění krystalů na dně moří a mohlo by dojít k lavinovité destabilizaci celé vrstvy s následným únikem metanu do atmosféry. Neodborná a nekontrolovatelná těžba by mohla způsobit nevratné následky (např. zvýšení teploty atmosféry  o 6 až 10°C, kontinentální sesuvy doprovázené tsunami a zničením podmořského života).

Přesto se v mořském příkopu Nankai, asi 50 km od ostrova Honšú, podařilo Japoncům vytěžit z ložiska v hloubce 330 metrů  určité množství plynu. Japonci trpící nedostatkem zásob energetických surovin si od tohoto ložiska s odhadem 1,1 biliónu krychlových metrů plynu hodně slibují. Znamenalo by to vyřešení spotřeby Japonska asi na 12 let. Přitom se zásoby této suroviny v japonských pobřežních vodách odhadují až na stonásobek roční spotřeby plynu v Japonsku.