COVI-kávička 4.6.: RF +8536 US +20578. Komentář
U nás, jak se zdá, je koronavirus již plně pod kontrolou a "ochočen" (nepropukají zdivočelé vícenákazy). Pokud nedojde k recidivě (a tu zatím nepředpokládám do uvolnění pohybu osob a případné "repatriaci" nové vícenákazy), není nijak zvlášť přínosné sledovat situaci v ČR. Pokud dojde ke změně, včas zareaguji. Proto je dobré zaměřit pozornost na ty země, kde se koronavirus ještě nedaří nejen ochočit, ale ani zkrotit.
Ruská federace: +8536 nových případů (o 209 menší přírůstek než předcházející den). Po delší době druhý den více než 9 tisíc.
Spojené státy: +20578 nových případů (o 1803 větší přírůstek než předcházející den).
Uvedené dva státy jsem si vybral k dennímu sledování nejen proto, že jsou největší, ale i proto, že v nich došlo k největšímu rozbujení vícenákaz. Bude zajímavé sledovat, jak se zde bude situace vyvíjet. Je to příběh s otevřeným koncem a hodně napoví o tom, jak náš virus funguje.
U obou zemí zatím žádný náznak toho, že by lineární nárůst nově nemocných nepokračoval.
Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.
Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries
Jak to vidím
K úvahám Soni Pekové (pokračování z předcházejícího dílu seriálu)
S. Peková:
Musíme testovat, musíme vědět, kde se virus pohybuje, pochopit jeho projevy. Vidíme, že jsou lidé, kteří mají v sobě vysoké množství viru a přitom nemají skoro žádné klinické příznaky. Musíme sbírat data, protože nic podobného jsme tu dosud neviděli. Pořád zjišťujeme něco nového.
K tomu ode mě:
Postřeh i apel v tomto odstavci lze jen uvítat.
S. Peková:
Na začátku jsme si mysleli, že nebude mít příliš schopnost mutovat. Teď vidíme, že je to přesně naopak. Takže je velmi dobře, a za to vládě děkuji, že umožnila, aby na diagnostické pole vstoupilo maximum laboratoří, a tím pádem můžeme získávat více dat. Karanténa rozhodně zbytečná není, pomáhá maximálně omezit šíření viru v populaci. Současně se musí testovat.
K tomu ode mě:
Cenné svědectví. Ale byli i tací (mezi ně patřím i já), kteří si mysleli, že náš virus bude mutovat mnohem víc, než mutuje. A že bude mutovat "divergentním" způsobem, zatímco on "osciluje". To je zásadně nový moment, kterého si ani S. Peková dostatečně nevšímá.
S. Peková:
Mám svou teorii (na to, proč neexistují případy nakažení děti – pozn. RV), uvidíme, jestli se potvrdí. Ve virologii existuje fenomén, kterému se říká exkluze superinfekce. Jednoduše jde o to, že pokud je buňka infikována virem stejné skupiny a ten je neškodný, tak další virus, mnohem nebezpečnější, už se do ní nedostane. Ten virus, který se do ní dostane jako první, tomu druhému řekne: Pardon, tady je obsazeno.
Neškodných koronavirů mají děti plné horní cesty dýchací, to je příčina takových těch řídkých nudlí u nosu. Takže potom může kolem letět SARS-CoV-2 a ani si lidově řečeno neškrtne. Přitom není důvod, proč by se neměly nakazit, vždyť malé děti jsou neustále nemocné, jejich imunita se teprve vytváří. Pošlete je do školky a hned jsou doma. Žádnou superimunitu nemají a to je nejspíše paradoxně chrání.
K tomu ode mě:
To je jedno z možných vysvětlení. Já se domnívám, že je to jinak. Moje hypotéza vychází z toho, že dominantní hra, kterou virus hraje a na kterou je přirozeným vývojem "naprogramován", je hra mezi jeho soukmenovci. A je to právě hra o vstup do jednotlivých buněk. Jeho agresivní chování (nekooperativní chování, "rychlé spásání pastviny" hostitele) je hrou, která je spuštěna bojem proti soukmenovcům, kteří by mohli představovat evoluční alternativu, která by dostatečně nechránila hlavní kmenové "tabu", totiž dominanci a ochranu kooperativního chování. K tomu podrobněji zde (uvádím dva odkazy, které obsahují to hlavní z mého pohledu):
Proč COVID-19 nenapadá děti? – Má dost rozumu
https://radimvalencik.pise.cz/7928-proc-covid-19-nenapada-deti-ma-dost-rozumu.html
K logice evolučního chování COVID-19
https://radimvalencik.pise.cz/7937-k-logice-evolucniho-chovani-covid-19.html
S. Peková:
Podle mne v regulační oblasti (odpověď na otázku, čím se COVID-19 liší od jiných virů). Tam má jiné sekvence než koronavirus z netopýra, jakkoli to tělo viru z něj určitě pochází. Má hrozně vysokou replikační aktivitu a proto je tak nakažlivý. S tím také souvisí schopnost mutovat v čase, stále se objevují kmeny, které jsme ještě neviděli.
K tomu ode mě:
Myslím, že to není přesná interpretace toho,jak náš virus mutuje. resp. že si uchovává evoluční stabilitu a žádné "konkurenční" kmeny nevznikají. Právě to je dost nečekané a zaslouží si vysvětlení. Tento pozoruhodný fenomén už bylo možné tušit již na začátku dubna. Zde lze sledovat šíření jednotlivých variací COVID-19, tj. jak náš virus (dle mojí terminologie) mutačně osciluje, a to doslova v přímém přenosu (fascinující podívaná):
https://nextstrain.org/ncov/global
I s tou "replikační aktivitou" je to sporné. Nakažlivý je právě proto, že dlouho trvá, než se projeví a je "bezpříznakově" nakažlivý.
S. Peková:
Koronavirus k obojímu - množení i přepisování své genetické informace - potřebuje enzym, který se jmenuje RNA-dependent RNA polymerase (anglicky - pozn.red.). Ten je specifický v tom, že nemá tzv. proof-read activity, jednoduše řečeno nedává pozor, že zakládá chyby. Čím je tento enzym hnán do co nejrychlejšího rozmnožování, tím vyšší je pravděpodobnost, že u toho naseká nějaké chyby. Oproti netopýřímu koronaviru došlo ke změně v regulační části. Žene ho teď do takových výkonů, které normálně u koronavirů nepozorujeme.
K tomu ode mě:
Důležité je, co si S. Peková představuje pod touto větou: "Žene ho teď do takových výkonů, které normálně u koronavirů nepozorujeme." – Jaký "výkon" má namysli? Největším výkonem COVID-19 je uchování evoluční stability, kterou u organismů, jejichž replikačním základem je RNA nepozorujeme. Chybují všude, i v "regulační části", což je také nový pojem, se kterým S. Peková přichází. Nějak lze z tohoto textu vytušit, že se s problémem evoluční stability našeho viru vyrovnává právě pře pojem "regulační část" (v některých vystoupení ji nazývá "velínem"). Ale proč by se právě tato část kódujícího základu měla vyhýbat chybám?... Ovšem nezavrhujme tuto myšlenku. Je přinejmenším inspirující.
S. Peková:
Otázka: "Od začátku nevylučujete, že koronavirus je dílem člověka. Nedávná studie v prestižním americkém časopise Nature to vylučuje."
Odpověď:
Vyšlo to v Nature Medicine, jednom z nejrespektovanějších časopisů. Je výborný, velmi podrobný článek. Jen se věnuje výhradně strukturálním částem viru a ani slovem se nezmiňuje o regulačních oblastech, kde podle mého názoru právě došlo ke změnám.
Proč nevylučuji jiný než přírodní původ? Virů není nekonečné množství. Takže když máme pacienta s nějakými symptomy, umíme docela dobře cílit na to, který virus to asi bude. Když jsou příznaky jedny, asi to budou chřipkové viry, když má průjem, jdeme po jiných virech, když má kožní onemocnění, hledáme herpetické viry.
Stejně tak očekáváme, že když je pacient nakažený koronavirem, bude to nějak vypadat. Obvykle je to rýma, maximálně lehký katar horních cest dýchacích, ale to za týden přejde. Jenže tenhle koronavirus se všemu vymyká a vytváří novou kategorii onemocnění, což je přinejmenším zvláštní.
Strávila jsem léta v molekulární genetice, klonovali jsme, využívali různé virové partie pro genové inženýrství. Takže když jsem uviděla sekvenci té regulační části, první co mě napadlo, že to nevypadá jako přírodní výtvor. Ale je to jen můj názor, musí se na to podívat další lidé.
Ostatně v našem testu se přesně na tuto část zaměřujeme. Takže každý, komu jsme náš test poskytli, si může udělat obrázek sám a říct, jaký dojem to na něj dělá.
K tomu ode mě:
A toto už je trochu "přes čáru". Škoda, že zde není S. Peková konkrétnější:
"Jenže tenhle koronavirus se všemu vymyká a vytváří novou kategorii onemocnění, což je přinejmenším zvláštní." – V čem či čím je zvláštní?
"když jsem uviděla sekvenci té regulační části, první co mě napadlo, že to nevypadá jako přírodní výtvor" – Zase bez konkretizace, přitom velmi zajímavý moment.
A k tomu ještě to rozlišení na "regulační" a "strukturální" část viru.
(Pokračování)
Švédsko podle očekávání:
"Existuje jistě potenciál pro zlepšení toho, co jsme ve Švédsku udělali," řekl Tegnell a pokračoval: "Pokud bychom narazili na stejnou nemoc a věděli o ní to, co víme dnes, myslím, že bychom přijali opatření někde mezi tím, co jsme udělali ve Švédsku, a tím, co udělal zbytek světa."
Víc obětí, delší průběh, drsnější a dlouhodobější opatření, delší zákaz cestování...
Hlavně si dobře pamatujme ty, kteří za švédský model rychlého promoření horovali, dokonce psali výzvy. A také si pamatujme, jakou podporu rektoru Zimovi aj. dávala media, jak jimi argumentovali představitelé stran "demobloku" apod.
A k tomu ještě pikantnost: "Švédsko do léta spustí vyšetřování, jehož cílem bude zjistit, jak zvládlo pandemii koronaviru. Švédsko zvolilo relativně benevolentní přístup a vsadilo na to, že lidé budou hygienická opatření dodržovat dobrovolně. Obchody ani restaurace nezavíralo."
K tomu: Pro ty, kteří by tak v souvislosti s koronavirem spouštěli vyšetřovací komice – což takovou u nás na téma: Kdo doporučoval promoření na způsob Švédska a dával Švédsko za vzor?
Co se děje ve světě:
Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:
https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries
Další významné zdroje o dění ve světě:
https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441
https://ourworldindata.org/coronavirus
První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.
Graf šíření mutuací:
https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114
Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.
Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:
Nejdůležitější je tento graf:
Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)