U nás, jak se zdá, je koronavirus již plně pod kontrolou a "ochočen" (nepropukají zdivočelé vícenákazy). Pokud nedojde k recidivě (a tu zatím nepředpokládám do uvolnění pohybu osob a případné "repatriaci" nové vícenákazy), není nijak zvlášť přínosné sledovat situaci v ČR. Pokud dojde ke změně, včas zareaguji. Proto je dobré zaměřit pozornost na ty země, kde se koronavirus ještě nedaří nejen ochočit, ale ani zkrotit.

Ruská federace: +8706 nových případů (o 281 menší přírůstek než předcházející den).

Spojené státy:    +25302 nových případů (o 1919 menší přírůstek než předcházející den). 

Uvedené dva státy jsem si vybral k dennímu sledování nejen proto, že jsou největší, ale i proto, že v nich došlo k největšímu rozbujení vícenákaz. Bude zajímavé sledovat, jak se zde bude situace vyvíjet. Je to příběh s otevřeným koncem a hodně napoví o tom, jak náš virus funguje.

V Rusku zatím žádný náznak toho, že by lineární nárůst nově nemocných nepokračoval. Přírůstky téměř beze změny. V US sice pokles o téměř dva tisíce oproti předcházejícímu rekordnímu dni, ale i tak velmi vysoká hodnota překračující zhruba o čtyři tisíce dosavadní hodnoty lineárního nárůstu. Uvidíme, jaké budou hodnoty v pracovní dny.

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

 

Jan Kulveit o šíření koronaviru (diskusní skupiny Covid_19Philosophy na FB):

Víte, že všichni máte přístup k prediktivnímu simulátoru šíření koronaviru ve fyzickém prostředí s výkonem menšího superpočítače, založeného na pokročilých Bayesovských aproximacích?

Tím "simulátorem" je náš mozek, stačí použít jednoduchý trik a místo tajemného COVIDu si představit že někdo kouří. To jak byste byli celkově exponovaní cigaretovému kouři, bude velmi dobře korelovat s dávkou viru, kterou můžete v dané situaci nachytat. (Nebo naopak si můžete představit, že kouříte vy, a zeptat se kdo by kouř nejvíc cítil.) S touhle analogií snadno můžete odvodit řadu heuristik / hrubých odhadů ohledně rizika

Například:

- Indoor vs. outdoor: Samozřejmě je v principu mnohem horší vnitřní prostředí. Na to, abyste se dostali na stejnou exposici, vám někdo musí kouřit přímo do obličeje. (Zase ale naopak pokud vám bude někdo kouřit do obličeje, je to mnohem horší, než projít velkým nákupním střediskem kde prošel kuřák před půl hodinou.)

- Vnitřní prostředí: V domácnosti s kuřákem bude vaše expozice fakt vysoká. Stejně tak v prostorech typu vnitřek automobilu, kde bude i vaše oblečení smrdět už za půl hodiny.

- Povrchy: Je dost rozdíl mezi povrchy v prostředí, kde někdo kouří celé dny a noci a kde dávka viru na površích bude značná a exposicí typu "prošel tady kuřák". Zhruba bych řekl, že pokud byste z daného povrchu necítili kouř, riziko přenosu je malé.

- 1m nebo 2m nebo 4m: Ve větší vzdálenosti se kouř nebo virus více rozptýlí. 2m hranice není žádné magické číslo, kde méně by bylo nebezpečné a více bezpečné

...dál se můžete zamyslet na rouškami, obchodními centry, rozdílem chování typu "zpěv" (kouř zplna hrdla vyfukuji) atd...

Proč ta analogie docela dobře funguje je:

- většina přenosu COVIDu je vzduchem mezi sliznicemi dýchacích cest;

- z hlediska pohybu drobných částic ve vzduchu jsou základní parametry podobné, ať už jsou to částice kouře, nebo viru;

- náš mozek má spoustu "tréninkových" dat o šíření kouře a je to skvělý prediktivní simulátor našeho fyzického prostředí

(Cave: neříkám, že je v tom všechno jasné a výzkum hotový, na druhou stranu pro základní model rizika nepotřebujete metaanalýzu deseti studí, která odhalí, že rozestup 2m je účinnější než 1m.)

Novější poznatky o šíření našeho viru:

Model dobrý a dobře vysvětlen. Ale je to jako s představou o šíření světla před objevem fotoelektrického efektu. (Analogie je hlubší, než to vypadá na první pohled).

Zde je obrázek a zkrácený překlad článku Benedicta Carey a Jamse Glanze v The New York Times 12. června:

 

Tato mutace se šíří rychleji, infikuje více buněk a je stabilnější než ostatní. Přitom neexistuje důkaz, že je smrtelnější nebo škodlivější. Mění však patrně biologickou funkci viru. Mutace, známá jako D614G, stabilizovala virové proteiny špice, které vyčnívají z povrchu viru a dávají koronaviru jeho jméno. Počet funkčních a intaktních hrotů na každé virové částici je kvůli této mutaci asi pětkrát vyšší. Tyto proteiny špice se musí připojit k buňce, aby jej virus infikoval. Podle vědců, kteří vedli studii, Hyeryun Choe a Michael Farzan, tedy viry s D614G infikovaly buňku mnohem více než viry bez této mutace. Špičky viru s mutací jsou v buněčném kulturním systému, který jsme použili, téměř desetkrát infekčnější než ti, kteří tuto mutaci neměli. Viry bez této mutace se vyskytly na začátku pandemie ve Wuhan v Číně.

Genetik Kristian Andersen z Scripps Research, La Jolla, uvedl, že analýzy D614G a dalších variant ve Washingtonu a Kalifornii dosud nezjistily žádný rozdíl v tom, jak rychle nebo široce se jedna varianta rozšířila přes druhou. "To je hlavní důvod, proč v tuto chvíli tak váhám," řekl Dr. Andersen. "Protože kdyby se jeden opravdu dokázal šířit podstatně lépe než ten druhý, očekávali bychom, že zde uvidíme rozdíl, a my ne."

V novém výzkumu provedl tým vedený Dr. Choe a Dr. Farzan dva experimenty. V jednom vytvořili neškodné proxy viry pomocí standardních nástrojů, včetně retrovirů a tzv. Virových částic. Každý byl zkonstruován tak, aby obsahoval signální koronové "špičkové" proteiny, které mu umožňují připevnit se na povrch buněk, jako je suchý zip. Vědci zjistili, že viry s mutací D614G byly odolnější a zachovaly asi pětkrát více funkčních bílkovin, aby infikovaly buňky než viry bez této mutace. V dalším experimentu zjistili, že viry nesoucí mutaci D614G infikovaly tkáňové buňky mnohem účinněji než viry bez mutace. Dr. Farzan řekl, že rozdíl pravděpodobně pramení z biologické vlastnosti mutace, která propůjčuje proteinu spike větší flexibilitu a stabilizuje jej.

Celé s uvedením zdrojů zde: https://www.nytimes.com/2020/06/12/science/coronavirus-mutation-genetics-spike.html?fbclid=IwAR1QeJTWVH-UqZEgoS50_qZoY5-cHFsmpC4MXgMpeQ_mnok8jf8wmGE9iCA

K tomu ode mne:

I tento článek nahrává teorii rozhodující role vícenákazy. Náš virus se začne nebezpečně chovat tam, kde se setká několik mutací v jednom organismu, a kde si mutace začnou konkurovat. Podíváme-li se na šíření nákazy zvenku, tak podle současných poznatků:

- Šíření kterékoli mutace je poměrně pomalé.

- Dokonce i tam, kde se potká několik různých mutací, nedochází k "excitaci" či "zdivočení" viru okamžitě. To platí i pro výše uvedenou mutaci D614G.

- Vypadá to, jako kdyby všechny mutace měly hluboce zakódovanou strategii "pomalého spásání pastviny" (hostitele), tj. kooperativní strategii ve smyslu teorie her. Ta je také základem jakékoli evolučně stabilní strategie v obdobných situacích (náš virus měl k jejímu nalezení a "odladění" kolem miliardy let).

- Dokonce i tam, kde se probouzí nekooperativní chování, se při malém množství setkání mutací situace uklidňuje (jako kdyby virus opravdu vkládal do strategie "jak ty mě, tak já tobě" poměrně často vstřícná gesta v podobě kooperativní strategie. Tj. samotné setkání více mutací ještě nemusí spustit místní epidemii.

- Pokud však situace existence šíření více bezpříznakových mutací v nějakém regionu přetrvává delší dobu, roste postupně (pomalu, ale vytrvale) počet případů "zdivočení", resp. excitovaného stavu, a to patrně u více mutací. Epidemie se rozjede a lze ji velmi obtížně zastavit.

- Jedním z důvodů je, že se stykem začínají šířit i excitované vícenákazy jako takové. Přitom poměrně rychle.

Co z toho vyplývá:

- Latentní fáze postupného zdivočení viru může trvat poměrně dlouho a ochranná opatření se zdají být zbytečná. Pokud ovšem virus "neudrží" svoji dominantní evoluční strategii a zdivočí, nákaza (vícenákazy) se obtížně zastavuje (zastavují).

- Přímý přenos vícenákazy vytváří nová ložiska okamžitě, jeho šíření v nových ložiscích je velmi rychlé, ale při včasném pochycení ho lze zastavit.

V dalším si bude nutné více všímat toho, jak spolu souvisejí dva typy šíření nákaz:

- Postupné probouzení "excitovaného" stavu ponecháním volného prostoru pro setkávání mutací.

- Přímý přenos vícenákazy.

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Nejdůležitější je tento graf:

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)