K dobré teorii: COVID-19. Analýza vývoje/43
V tomto pokračování ukazuji koronavirovou mapku Itálie a podněty Matěje Šustera.
Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:
- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)
- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.
COVI-kávička 18.5: 20 nových případů. Komentář
18. květen 2020
Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/7879-covi-kavicka-18-5-20-novych-pripadu-komentar.html
20 (-29) oproti předcházejícímu dnu) nových případů za 17. 5. Návrat k velmi nízkým hodnotám. Možné je i následující vysvětlení. Pochopitelně je menší počet testů. Ale ten sám o sobě takový pokles nemohl vyvolat. Ale tím, jak působí stále více "ochočené" mutace (a vzájemně spolupracující) koronaviru, lidé necítí potřebu v neděli volat doktora a s mírnými příznaky čekají, jak se to vyvine.
Významný a další výrazný pokles počtu hospitalizovaných ke dni 16. 5. na 175 (-8) oproti předcházejícímu dni. Ve zprávách o vývoji nákazy velmi nedoceňovaný ukazatel. To nelze vysvětlit jen účinnější léčbou, ale začíná působit Flegrův efekt prosazování méně agresivních forem, resp. Tím, že dominující mutace přecházejí do režimu (volby strategie) kooperativního chování. Uvidíme, co se stane, až se setkají s nekooperujícími mutacemi, což je při rozvolňování opatření velmi pravděpodobné.
Jak to vidím
Trochu osvěty a kvalitních informací na úvod:
Výborný a poctivě udělaný materiál prognózující další vývoj:
Dobře udělané mapy popisující diferencovaný průběh COVID-19 i s relevantními analytickými závěry:
Covid-mapa Itálie dle uvedeného článku:
To se nám to pěkně vybarvilo. Uvolnění vnitřního pohybu vytváří téměř fatální riziko vícenákaz různými mutacemi koronaviru, které se ještě nenaučily "spolupracovat". Pokud je tato hypotéza správná, projeví se to brzy po umožnění volného cestování po Itálii vznikem nových ohnisek nebezpečných forem nákazy.
Matěj Šuster: O testech "promořenosti" populace:
Tento článek jsem převzal ze stránek "Covid_19philosphy" na FB, viz:
Obsahuje původní a a přínosný výklad významu plošných testů a otázky "promořenosti" populace. Na uvedených stránkách probíhají a další plodné výměny názorů. Zde je avizovaný článek:
Matěj Šustr
Když už se tu pořád vedou vášnivé diskuse o těch či oněch sérologických studiích, tak by asi bylo užitečné důsledně rozlišovat tři různé základní otázky:
1. Jaká je SKUTEČNÁ promořenost populace?
2. Jakými metodami (typy testů atd.) nebo jejich kombinací "skutečnou promořenost" populace co nejlépe či nejspolehlivěji odhadnout či zjistit? Jaká jsou základní omezení té či oné metody a jak je popř. při vyhodnocování výsledků adekvátně zohlednit?
3. Pokud různými metodami (typy testů) zjistíme různé výsledky, co z toho prakticky vyplývá z hlediska získané imunity (včetně kolektivní), popř. přirozené odolnosti části populace?
Vezměme si nedávné předběžné výsledky ze Španělska, kdy testovali u reprezentativního vzorku (90 000 Španělů z 36 000 různých domácností) přítomnost specifických protilátek třídy IgG, a vyšlo jim 5 % celonárodně a cca 11 až 14 % v Madridu a okolí.
Již z toho by mělo být zřejmé, že tam měli nakažených aspoň DESETINÁSOBNĚ více, než kolik stihli detekovat pomocí PCR testů (řekněme 2,3 milionů vs. 230 tisíc detekovaných případů v době odběru těchto krevních vzorků).
Ryze ilustrativní myšlenkový experiment:
Jestliže lze předpokládat, že se protilátky třídy IgG tvoří především u těch těžších průběhů, a jestliže předpokládáme, že tyto těžší průběhy tvoří např. 20 % všech případů nákazy, tak by se zdá jako docela logické, že skutečný počet nakažených mohl být ve Španělsku až pětkrát vyšší, než jaký zjistil test na protilátky třídy IgG (tj. až 25 % populace).
Anebo pokud se protilátky třídy IgG tvoří u 50 % všech nakažených (tj. těžších průběhů je 50 %), tak skutečné procento nakažených by mohlo být až dvojnásobné – 10 % celonárodně.
Cílem podobných myšlenkových experimentů je ukázat, že podobný závěr není "zcela zjevně nevěrohodný", "vycucaný z prstu" nebo "zbožné přání".
Jinou otázkou je, zda, do jaké míry a s jakým maximálním časovým odstupem po nákaze by šlo toto doložit pomocí testu např. protilátek třídy IgA (tj. případy, kdy se virus sice pokusil uchytit na sliznici horních dýchacích cest, ale tělo daného člověk si s ním relativně snadno poradilo už pomocí těchto protilátek, tj. slizniční imunitou atd.).
Čili jedna věc je spolehlivost konkrétních testů protilátek IgA atd., druhá věc je, zda lze rozumně předpokládat, že skutečné procento nakažených bylo násobně vyšší, než jaké detekují testy na IgG.
A třetí věc je, co ze spolehlivých zjištění, že v daný moment má kupř. 20 % obyvatel protilátky IgA, 10 % protilátky IgM a 5 % i protilátky IgG, vlastně prakticky vyplývá, zejména z hlediska a jejich (budoucí) přirozené odolnosti nebo imunity vůči SARS-CoV-2.
Tady se všechny tyto tři odlišné otázky během diskuse většinou míchají dohromady, řekl bych.
Každopádně přece není na škodu udělat souběžně více typů testů, resp. zkoumat vícero tříd protilátek, porovnat jejich výsledky a důkladně posoudit, co lze vůbec na základě těchto výsledků důvodně usuzovat a co nikoliv.
K tomu viz též tento materiál:
Vynikající stránky k epidemii COVID-19 jsou tyto:
https://www.facebook.com/groups/208008770285228/
Najdete na nich původní rozbory, shrnující informace, zajímavé diskuse, dílčí příspěvky. Stránka vznikla "zdola", z iniciativy lidí různé odbornosti, kteří se na ní postupně sešli. Člověk si musí umět vybrat, ale nikde jinde nenajde tak všestranný zdroj informací. Doufám, že se někdy brzy dostanu k tomu, abych udělal průvodce těmito stránkami.
Co se děje ve světě:
Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:
https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries
Další významné zdroje o dění ve světě:
https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441
https://ourworldindata.org/coronavirus
První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.
Graf šíření mutuací
https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114
Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:
Nejdůležitější je tento graf:
Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)