U nás, jak se zdá, je koronavirus již plně pod kontrolou a "ochočen" (nepropukají zdivočelé vícenákazy). Pokud nedojde k recidivě (a tu zatím nepředpokládám do uvolnění pohybu osob a případné "repatriaci" nové vícenákazy), není nijak zvlášť přínosné sledovat situaci v ČR. Pokud dojde ke změně, včas zareaguji. Proto je dobré zaměřit pozornost na ty země, kde se koronavirus ještě nedaří nejen ochočit, ale ani zkrotit.

Ruská federace: +7728 nových případů (o 161 menší přírůstek než předcházející den).

Spojené státy:    +26079 nových případů (o 7309 menší přírůstek než předcházející den). Citelný pokles, ale k návratu na dlouhodobý průměr stále ještě daleko.

Uvedené dva státy jsem si vybral k dennímu sledování nejen proto, že jsou největší, ale i proto, že v nich došlo k největšímu rozbujení vícenákaz. Bude zajímavé sledovat, jak se zde bude situace vyvíjet. Je to příběh s otevřeným koncem a hodně napoví o tom, jak náš virus funguje.RF pokračuje v hodnotách pod hranicí 8 tisíc. US má k původnímu nižšímu průměru kolem 21 tisíc stále ještě daleko.

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

Jak funguje náš virus – II. část

Pokračování bodů 1. až 12., viz:

https://radimvalencik.pise.cz/8012-covi-kavicka-21-6-rf-7889-us-33388-komentar.html

S tím souvisejí dvě otázky:

- Co způsobilo, že se náš virus začal chovat agresivně ("zdivočel", porušil pravidla "spásání společné pastviny", tj. kooperativního chování)?

- Jakým způsobem může náš virus v rámci své evolučně stabilní strategie eliminovat mutace, které narušují jeho evolučně stabilní strategii?

Obě otázky jsou rubem a lícem jedné mince. Odpovím na ně v bodech, které navazují na přecházející:

13. Pokud by náš virus nebyl schopen eliminovat mutace, které narušují základ evolučně stabilní strategie, tj. "pomalého spásání pastviny" (hostitele), což patrně činí velmi vysokou mírou výběru buněk, které napadá, nebyla by jeho strategie dostatečně evolučně stabilní a "nedožil by se dnešních dnů". Tj. náš virus musí být schopen nějakým způsobem eliminovat "příliš inovačně" se chovající mutace, inovační v tom smyslu, že jsou schopny napadat širší spektrum buněk.

14. Výše uvedené je jeden z klíčových momentů. Základem našeho viru je totiž RNA, která je méně stabilní než DNA, proto by se mutace, které vedou ke vzniku vzdalujících se od sebe mutací, měly být poměrně časté. Nic takového ovšem nepozorujeme. Náš virus spíše mutačně osciluje kolem základního genomu. Podobně se chovají i jeho příbuzní. Selektivnost v napadání buněk uvnitř jednoho organismu patrně souvisí s tím, že nepřechází tak, jak by se dalo očekávat, ani mezi jednotlivými živočišnými druhy. Experimenty, na které jsem odkázal v předcházející části, to potvrzují.

15. Totéž, ale z trochu jiného pohledu, zformuluji vzhledem k důležitosti, ještě jednou: RNA je poměrně mutačně nestabilní a dalo by se očekávat, že se budou objevovat mutace "porušující dohodu o spásání", což je totéž, jako když řekneme, že jsou schopny obsazovat širší replikační prostor jak uvnitř organismu hostitele (napadat více druhů buněk a tím způsobit propuknutí nemoci), tak i mezi různými druhy hostitelů (přenášet se mezi druhy). Mutace, která by byla "replikačně inovační", obsadila nový prostor, by byla (alespoň krátkodobě) evolučně úspěšnější. Ale taková mutace se jako odlišně se vyvíjející kmen neobjevuje ("zaplaťpánbů, protože to by byl velký průšvih), náš virus je spíše "zakonzervován" ve svých poměrně dynamických mutačních oscilacích. A to i přesto, že v současné době občas propukne a rychle se šíří ohniska nákazy, která se v některých případech jen s velkými obtížemi izolují a likvidují. To je to, co je nutné vysvětlit.

16. Malá odbočka, ale přímo k věci: Elinora Ostromová dostala za popis mechanismů, kterými se různé primitivnější lidské pospolitosti brání porušování dohod o spásání pastviny, Nobelovu cenu, viz:

https://cs.wikipedia.org/wiki/Elinor_Ostrom

Náš virus ovšem nemá možnost bránit se proti "inovátorům" porušujícím pravidla stejnými způsoby jako člověk, není schopen si vytvářet normy chování a sankce za jejich porušení. Jako to tedy dělá? Toť hlavní otázka. Zde jsme přímo u podstaty problému. Náš virus má jedinou možnost. Když nějakým způsobem identifikuje to, že výrazná selektivnost v napadání buněk je porušena, aby uchránil základ evolučně stabilní strategie viru, spustí sám strategii rychlého spásání, tj. přestane sám sebe omezovat ve výrazně selektivním přístupu při napadání buněk.

[Tady jsem na tenkém ledě, nejsem mikrobiolog, nerad bych dal zavádějící představu, ale mohlo by to být třeba takto: Když náš virus zjistí, že jím napadené buňka byla napadena mutací jeho vlastního kmene, čímž bylo porušeno základní "tabu kmene", tj. základ evolučně stabilní strategie, vypustí potomstvo, které také bude porušovat tabu kmene. Nikoli nahodila, ale jako reakci na přítomnost narušitele. To, jak si ukážeme, úplně stačí.]

17. Spuštění strategie rychlého spásání (strategie přímo opačné proti základu evolučně stabilní strategie kmene) je nutné ke dvojímu:

- Jednak tím omezuje replikační prostor pro "inovátora", který porušil tabu kmene. (Pokud by to neudělal, mutace by převládla a rychle by se šířila jak uvnitř druhu, tak možná i mezidruhově, což by bylo nepříjemné hlavně pro nás, jako hostitele.)

- Jednak tím celý druh svého hostitele v té lokalitě, ve které se rozšíří, vystavuje riziku přežití a staví ho před alternativu: Buď najdeš způsob, jak mě i novou mutaci vyhubit, nebo vyhyneš sám.

[Právě to dnes pozorujeme. Náš virus "zdivočel". Objevila se jeho mutace, která ho donutila ke spuštění jedné ze složek jeho dobře "vyladění" evolučně stabilní strategie. Musí stůj co stůj, a to třeba i s pomocí imunitního systému hostitele, nebo vymření hostitele v určité lokalitě, zničit mutaci, která porušila "tabu kmene" a snažila se rozšířit replikační prostor (porušila dohody o pomalém spásání pastviny). Náš viru totiž jinou obranu nemá. V současné době nemusí dojít k "lokálnímu vyhynutí" hostitele, stačí, když hostitel účinným způsobem šíření nákazy zabrání. Náš virus má totiž ještě jednu doplňující strategii, o které budu hovořit v dalším pokračování. Nyní jen dodám, že když tato první doplňující strategie vznikala, docházelo patrně i k nečekanému a velkému vymírání celých druhů právě v důsledku výše uvedeného. Tím byla základní a doplňující evolučně stabilní strategie fixována v našem a příbuzných kmenech jako "tabu kmene".]

My ovšem pozorujeme, že náš virus má schopnost nejen "zdivočet", ale také se "zklidnit". U SARS-CoV k tomu došlo naprosto nečekaně. Případy "zklidnění" pozorujeme v některých velkých lokalitách i v případě SARS-CoV-2. Jak si to vysvětlit?

(Tomu bude věnováno další pokračování zítra.)

K tomu ještě obrázek pro představu toho, jak podobné jsou receptory různých živočišných druhů a jak moc si dokáže náš virus a jeho příbuzní vybírat:

Simulace struktury SARSr-CoV RBD s ACE2 od psa, kočky, luskouna a čínského křečka:

 

 

(A) Strukturální simulace proteinového komplexu psa ACE2 a SARSr-CoV RBD. Pes ACE2, SARS-CoV-2 RBD, SARS-CoV RBD jsou ve žluté, modré a zelené barvě.

(B) Strukturální simulace proteinového komplexu koček ACE2 a SARSr-CoV RBD. Kočky ACE2, SARS-CoV-2 RBD a SARS-CoV RBD jsou ve fialovém, modrém a zeleném pořadí.

(C) Strukturální simulace proteinového komplexu pangolinu ACE2 a SARSr-CoV RBD. Pangolin ACE2, SARS-CoV-2 RBD a SARS-CoV RBD jsou v písčitohnědé, modré a zelené barvě.

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Nejdůležitější je tento graf:

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)